กระทรวงศึกษาธิการจัดการศึกษา โดยมุ่งเน้นให้ผู้เรียนได้มีพัฒนาการครบทุกด้าน ทั้งด้านร่างกาย อารมณ์ สังคม และสติปัญญา รวมไปถึงด้านคุณธรรม จริยธรรม การรู้จักพึ่งพาตนเอง และส่งเสริมสนับสนุนสร้างแรงจูงใจแก่ผู้เรียนที่มีความมั่นใจ โรงเรียนยอแซฟอุปถัมภ์ จึงได้ส่งเสริมในการสร้างนักศึกษาวิชาทหาร เพื่อให้ผู้เรียนตระหนักถึงบทบาท หน้าที่ ความรับผิดชอบต่อสังคม ภาวะความเป็นผู้นำ มีความกล้าหาญ ความมีน้ำใจ เอื้อเฟื้อต่อเพื่อนมนุษย์ มีความเสียสละ และเป็นการสร้างความสามัคคีในหมู่คณะ นอกจากนี้ยังเพื่อเป็นการสร้างกำลังพลสำรองของกองทัพไทย ภายใต้การควบคุมของ หน่วยบัญชาการรักษาดินแดน อีกด้วย (ตามพระราชบัญญัติส่งเสริมการฝึกวิชาทหาร พ.ศ. 2503)

   นักศึกษาวิชาทหาร โรงเรียนยอแซฟอุปถัมภ์ ได้ทำการฝึก ณ ศูนย์ฝึกนักศึกษาวิชาทหาร กรมการสัตว์ทหารบก เพื่อเรียนรู้วิชาทหารเบื้องต้น สร้างความมีระเบียบวินัย ลักษณะทางทหาร การปฏิบัติตามคำสั่งผู้บังคับบัญชา สามารถใช้อาวุธประจำกายทำการยิงได้ และมีการฝึกวิชาทหารทางเทคนิคและยุทธวิธี โดยในปีการศึกษา 2559 นักศึกษาวิชาทหาร โรงเรียนยอแซฟอุปถัมภ์ ได้ทำการสอบภาคปฏิบัติ เมื่อวันศุกร์ ที่ 18 เดือน พฤศจิกายน พ.ศ. 2559 โดยได้รับเกียรติจาก พันเอกวิสูตร เอี่ยมเรือง ผู้อำนวยการกองวิทยาการ กรมการสัตว์ทหารบก เป็นประธานในพิธี และรับมอบเครื่องพิมพ์ อิงค์เจ็ท ที่ระลึกแด่ศูนย์ฝึกนักศึกษาวิชาทหาร กรมการสัตว์ทหารบก เพื่อเป็นการขอบคุณ สนับสนุน และให้กำลังใจจากโรงเรียนยอแซฟอุปถัมภ์ ในการร่วมสร้างนักศึกษาวิชาทหารที่มีคุณภาพสืบไป โดยบาทหลวงวีรยุทธ เกียรติสกุลชัย ผู้ช่วยผู้จัดการฝ่ายกิจการนักเรียน โรงเรียนยอแซฟอุปถัมภ์ พร้อมด้วยมาสเตอร์ยุญฤทธิ์ เจริญแสง ผู้ช่วยผู้อำนวยการฝ่ายกิจการนักเรียน, มาสเตอร์อำนวย กันน้อย, มาสเตอร์กิจติพงษ์ สุขารมย์ และมาสเตอร์ประชุม เทียนเที่ยง ร่วมเป็นตัวแทนแสดงความยินดีต่อนักศึกษาวิชาทหารที่ผ่านการฝึก-ศึกษา ภาควิชาการ หลักสูตรนักศึกษาวิชาทหาร ประจำปีการศึกษา 2559 ณ ค่ายทองฑีฆายุ กรมการสัตว์ทหารบก